藻相及菌相

室外，藻相為主，菌為輔，藻相出問題，菌的輔助功能才會顯現，菌為一配套，防線。非主要武器。

室內，菌則為主，循環而言，前輩經驗，又分清水、濁水，各有優缺點，同樣的菌一倒；病、菌、虫、藥馬上來。

循環清水：厭氧自營細菌，吸附於濾材，單位體積內高密度活化的微生物量彼此競爭下，會產生多醣類、二次代謝物去仰制其它菌&弧菌(致病菌)量和仰寄生虫，且多醣類由魚體吸收可幫助魚體增加免疫力。亦有不使用菌，靠物理過濾，殺菌消毒處理循環養殖。